Basert på erfaringer fra Japan, USA og Europa, har forskere pekt på mulige negative konsekvenser ved innføring av lean. Grovt sett kan kritikken deles i tre kategorier; 1) menneskelige kostnader, 2) fiendtlighet mot fagforening og 3) overdrevent fokus på verktøy.

• Når det gjelder menneskelige kostnader er det pekt på dårlig arbeidsmiljø med farlige prosesser og vanskelig, tungt og skittent arbeid. På 1990-tallet hadde Japansk industri fått et rykte på seg som ble oppsummert i de 3 K’er (Kitanai = skitten, Kitsui = vanskelig, Kiken = farlig). Dette gjorde at japansk industri slet med rekruttering. Tiltak for å bedre arbeidsmiljø og redusere stress ble iverksatt. Lange produksjonslinjer ble splittet opp i mindre, mer uavhengige segmenter. Operatørene fikk større innflytelse på hvordan arbeidsstandardene ble utformet, men samtidig var det ingen selvstendighet i selve arbeidsutførelsen. Stadige beretninger om svært høyt produksjonstakt vitner om at det er en vanskelig balanse mellom kravet til kvalitet og effektivitet på den ene side og trivsel og demokratiske arbeidsforhold på den andre.
• Fagforeninger i Japan har tradisjonelt begrenset selvstendighet og innflytelse. Hos Toyota og andre finner vi såkalte ”company unions”, som organiserer alle yrkesgrupper i bedriften. Disse er ikke tilsluttet nasjonale fellesorganisasjoner og det finnes i liten grad nasjonalt regelverk som regulerer samspillet mellom bedrift og fagforening. Fra USA og Storbritannia er det rapportert flere tilfeller hvor lean har blitt brukt til å marginalisere fagforeningene og fremforhandlede avtaler. Dog er det også eksempler på vellykket partssamarbeid fra disse landene. Den norske modellen med utstrakt partssamarbeid og et strengt regulert arbeidsliv skiller seg betydelig fra den japanske og anglo-amerikanske konteksten. Dette har konsekvenser for hvordan lean bør implementeres.
• Verktøykritikken er rettet mot enkelte bedrifters tro på at suksess kan oppnås gjennom nøyaktig kopiering av Toyotas produksjonssystem og implementering av flest mulig verktøy og arbeidsmåter fra lean bøkene. Det er etter hvert veldokumentert at denne fremgangsmåten sjelden leder til suksess, men snarere til utstrakt motstand i organisasjonen. Bedriftens produksjonssystem må tilpasses arbeidsstokk, arbeidsmåter, produkter og markeder. Medvirkningsbaserte prosesser, hvor store deler av organisasjonen mobiliseres, har størst sjanse for å lykkes og skape en kultur for kontinuerlige forbedringer.